Habsburška monarhija

. hrvatsko je plemstvo izabralo Ferdinanda Habsburškog za hrvatskog kralja. Time je Hrvatska ušla u personalnu uniju sa zemljama gdje su vladali Habsburgovci. Time je čuvana svijest o zasebnosti Hrvatskog kraljevstva. Junaštvom se proslavio Nikola Jurišić koji je obranio Kiseg od premoćne osmanske vojske i tako obranio Beč od osvajanja. Osmanlije su krenule u novi pohod na Beč 1566. godine predvođeni Sulejmanom Veličanstvenim i velikim vezirom Mehmed-pašom Sokolovićem. U bitci kod Sigeta nakon junačkog otpora, braneći grad od 100.000 osmanskih vojnika, pogiba Nikola Šubić Zrinski jedan od najvećih velikana u hrvatskoj povijesti. Kardinal Richelieu bitku kod Sigeta je nazvao bitkom koja je spasila civilizaciju. Godine 1592. pada važna utvrda Bihać, a nekada slavno Hrvatsko Kraljevstvo je svedeno na ostatke ostataka, a hrvatske zemlje su pogođene snažnim iseljavanjem stanovništva. Godine 1558. Hrvatski i Slavonski sabor spojili su se u jedinstveni Hrvatski sabor.
Osmanlije 1593. doživljavaju poraz u bitci kod Siska. Osniva se Vojna Krajina, sustav obrambenih utvrda pod zapovjedništvom Dvorskog ratnog vijeća. Najvažnija utvrda je Karlovac. Na opustošenu zemlju naseljava se vlaško stanovništvo. Zbog zasluga u obrani Hrvatske pripadnici starih hrvatskih obitelji Zrinski i Frankopani nazivaju se skrbnicima i zaštitnicima Hrvatske. Nikola Zrinski pali veliki most kod Osijeka kojim su Osmanlije prodirale u Europu. Zbog sjajnih pobjeda odlikovali su ga i nagradili španjolski kralj Filip IV. i francuski kralj Luj XIV. Nezadovoljni centralističkom politikom bečkog dvora hrvatski i ugarski plemići pružaju otpor želeći samo otjerati Osmanlije uz pomoć zapadnoeuropskih sila, ponajprije Francuske. Vođe pobune Petar Zrinski i Fran Krsto Frankopan pogubljeni su u Bečkom Novom Mjestu 30. travnja 1671. godine. Time je skršen otpor hrvatskog plemstva, a posjedi Zrinskih i Frankopana došli su pod vlast Dvorske komore.
Na osvojenim područjima provodi se islamizacija iako Osmanlije prihvaćaju činjenicu da dio pokorenih naroda pripada kršćanskoj vjeri. Pri tome su tolerantniji bili prema pravoslavnim crkvama nego prema katolicima budući da je Katolička crkva često poticala zapadne države protiv Osmanlija. Jedino su franjevci mogli slobodno djelovati na području Osmanskog Carstva. Kršćani su morali plaćati visoke poreze tako da mnogi iseljavaju. Organizira se otpor koji pružaju hajduci i uskoci.


Dubrovačke zidine
Jedini dio hrvatskoga prostora koji se samostalno razvijao bila je Dubrovačka Republika koja je s 200 brodova imala jednu od najvećih trgovačkih mornarica u Europi. Isusovac Bartol Kašić piše 1604. prvu gramatiku hrvatskog jezika. Isusovci osnivaju 1607. gimnaziju u Zagrebu. Kralj Leopold I. dodijelio joj je naslov akademije čime je osnovano Sveučilište u Zagrebu, najstarije sveučilište s neprekinutim djelovanjem u Jugoistočnoj Europi. Najvažniji hrvatski barokni književnik Ivan Gundulić djeluje u Dubrovniku, a povjesničar Ivan Lučić spada u sam vrh europske povjesne znanosti sedamnaestog stoljeća.